《图书室的女友1-6》是一部校园轻恋爱漫画，以学校图书室为舞台，讲述图书委员吉田航与内向女生水野凛之间的秘密交往。水野凛每天中午都会在图书室最里面的角落看书，吉田航借由整理书籍的机会接近她，两人从交换书单开始，慢慢变成彼此最特别的“图书室女友/男友”。然而水野凛其实有社交恐惧症，图书室是她唯一的安全区，吉田航用耐心和书籍帮她一点点打开世界。
毕业前夕，吉田航送给水野凛一本手工书，里面收录了他们一起读过的所有书的笔记，水野凛哭着说“谢谢你成为我的图书室”。
文化祭上图书室被改成鬼屋，水野凛害怕到躲进书柜，吉田航在黑暗中握住她的手，小声说“我在”。
转校生也喜欢水野凛，公然向她借书，吉田航吃醋到把书放错位置，水野凛发现后笑着把书重新排好。
吉田航偷偷在水野凛常坐的位置放了蛋糕和礼物，她第一次在图书室笑出了声。
两人开始共用一本读书笔记本，每天写下对书的感受，慢慢变成彼此倾诉心情的秘密基地。
吉田航发现水野凛总是一个人坐在角落，便特意在她旁边放了一本《小王子》，第二天书下多了一张纸条“谢谢”。